El Proyecto responde a una creciente preocupación sobre la necesidad de adoptar medidas adecuadas para la protección del medio ambiente del Río de la Plata y su Frente Marítimo y para asegurar el desarrollo sustentable de sus usos y recursos.

El punto de partida se encuentra en la Primera Reunión Binacional sobre la Prevención de la Contaminación en el Frente Marítimo convocada por la Comisión Técnica Mixta del Frente Marítimo (CTMFM) en 1993. Una de las conclusiones del encuentro fue que la integridad del entorno de esa zona marítima, dependía de un conjunto de procesos que se desarrollaban en un espacio mucho más amplio.

En la Resolución Conjunta de la Comisión Administradora del Río de la Plata (CARP) y la Comisión Técnica Mixta del Frente Marítimo firmada el 7 de abril de 1994, se acuerda que ambos organismos binacionales cooperarían en todo lo referente a la elaboración y presentación de una propuesta de Proyecto.

El anteproyecto de Programa fue presentado al PNUD en mayo de 1994 y la solicitud de recursos para el desarrollo de proyectos fue aprobada por el GEF en 1997.

Se elaboró la propuesta de Documento de Proyecto a partir de estudios sobre diagnóstico ambiental, legislación de las Partes, análisis institucional e identificación de actores sociales. El Documento de Proyecto fue firmado el 22 de noviembre de 1998.

En 1998 las Comisiones establecieron un Consorcio encargado de la instrumentación del Proyecto